Historia otwarcia tego muzeum sięga roku 1948, a pomysłodawcą jego utworzenia był znany w regionie etnograf Adam Chętnik. Początkowo obiekt funkcjonował pod nazwą Instytut Północno-Mazowiecki, były to pierwsze próby powołania do życia placówki tego typu na tym terenie. Pierwsze lata to stworzenie głównych działów: geologiczno-paleontologicznego, zniszczeń wojennych ziemi łomżyńskiej po II wojnie światowej oraz dział kultury ludowej. Wówczas siedzibą dla eksponatów była miejscowość Nowogród.
Nieco później muzeum doczekało się siedziby z prawdziwego zdarzenia, obiekt stanął przy al. Legionów 18 w Łomży. Prężny rozwój na przestrzeni lat w tamtym okresie spowodował, iż mieszkańcy mogli obejrzeć aż 12 czasowych wystaw. W roku 1958 placówkę przeniesiono najpierw do budynku powiatowego, a później do Wojewódzkiego Domu Kultury. Powierzchnia muzeum wzrosła ponad dwukrotnie, co umożliwiło zaprezentowanie kilku ekspozycji stałych: „Jantar-bursztyn w dorzeczu Narwi Środkowej”, „Fauna i flora miejscowa” oraz „Rękodzieło i sztuka ludowa”. Od tamtego czasu zaprezentowano w sumie 122 wystawy czasowe. Kolejne lata przyniosły ponowną zmianę siedziby na bogate historycznie miejsce, a mianowicie starą plebanię parafii ewangelicko-augsburskiej z XIX wieku. Powierzenia znowu się powiększyła, ale dla zwiedzających nie był to dobry czas. Muzealnicy udostępnili wówczas jedynie jedną wystawę pn. „Bursztyn dorzecza Narwi Środkowej”. Obiekt nie robił dobrego wrażenia, podobnie jak same warunki. Muzealnicy odnaleźli się jednak i tutaj, prezentując przez wiele lat aż 197 czasowych wystaw.
Przełom nastąpił dopiero w 2006 r., kiedy to placówkę przeniesiono do aktualnej siedziby przy ul. Dwornej 22. Pracowników z pewnością ucieszyła powierzchnia obiektu wynosząca niebagatelne 1550 m2. Przyszłe lata przyniosły kapitalną przebudowę, którą chciano przeprowadzić, aby można było wystawiać w budynku więcej eksponatów. Dzięki środkom unijnym, trzy lata później, muzeum doczekało się modernizacji w ramach Regionalnego Programu Operacyjnego Województwa Podlaskiego na lata 2007-2013. Obiekt dzięki pracom zyskał aż cztery kondygnacje, pojawiła się duża przestrzeń wystawiennicza na ekspozycje stałe i czasowe, przystosowano również obiekt pod kątem potrzeb osób niepełnosprawnych. Muzeum znajduje się też na liście obiektów, gdzie wymagane jest zastosowanie systemu sygnalizacji pożarowej.
Muzeum podzielone jest obecnie na kilka działów, gdzie znajdziemy wiele interesujących zabytków. Dział bursztynu posiada ponad 1000 eksponatów, w tym narzędzia, naczynia, żywice, korę, pnie sosnowe, wyroby z bursztynu itp. Dział etnograficzny składa się przede wszystkim z narzędzi i wyrobów kowalskich, ale również z rzeźb z wizerunkiem Chrystusa Ukrzyżowanego, postaci świętych, wycinanek kurpiowskich, czy kolekcji strojów ludowych. W dziale archeologicznym dostępne są przede wszystkim dokumenty dotyczące regionu łomżyńskiego od czasu schyłkowego paleolitu po nowożytność, eksponaty w postaci ceramiki, narzędzi oraz broni.Dział historyczny to w głównej mierze ikonografia, zdjęcia i pocztówki, dokumenty archiwalne dotyczące Łomży i okolic, przedmioty codziennego użytku, prasa oraz urządzenia techniczne. Ostatni dział numizmatyczny stanowi szeroki przegląd monet i banknotów polskich, medali z określonych wydarzeń historycznych, czy obligacje i weksle.